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シャア・アズナブルはネオ・ジオン軍を再興。地球連邦政府に対して宣戦布告。巨大隕石落とし作戦による地球の寒冷化を企む。一方、シャアのライバルである地球連邦軍のロンド・ベル隊所属のアムロ・レイは、シャアの作戦を阻止するべく、ν(ニュー)ガンダムで出撃する。アムロとシャアの最後の決戦の幕が切って落とされる。